Pactar indemnización

Hola, les expongo mi caso.
Trabajo en una empresa desde hace 6 años, hace un par de meses me sometí a una fecundación in vitro para poder ser mamá, tuve que coger la baja durante una semana por el tratamiento, resulto positivo y estaba embarazada, a los días de comunicarlo a la empresa de buena fe recibí una nomina con los 15 días de preaviso, alegaron que fue una equivocación, a los pocos días aborte, seguí trabajando como normalmente. Al cabo de un mes mi jefe me propuso prepararme los papeles del paro y pagarme lo que me perteneciese porque no le interesa tener una persona de baja y pagar a otra. Mi sorpresa cuando me envía el calculo solo me paga la mitad de la indemnización alegando que como yo no estoy a gusto me hago cargo del 50%. En estos momentos no se que hacer, si puedo pedirle que asuma la empresa un 80% de la indemnización. Agradecería me orientaran sobre las posibles vías que tengo.
Muchas gracias.