Factura comisión iva

Buenas tardes,
He conseguido una comisión de un 5% al conseguir una ayuda de 100.000€ para una organización sin ánimo de lucro. En la comisión del 5% no se especificaba si era con IVA o sin IVA y quería saber si yo tengo como trabajador por cuenta propia, tengo que hacer la factura con IVA y si debo incluir el importe de la comisión+IVA o el importe del 5% incluyendo el IVA en el total. O si por el contrario estoy extento de IVA.