He recibido notificación de auxilio nacional, soy el perjudicado.

Supongo que estás hablando de un exhorto de otro Juzgado. En todo caso, el hecho de que tengas que pasar reconocimiento médico, solo puede deberse a la investigación de posibles daños que hubiera podido tener por cualquier motivo, accidente de tráfico, riña, agresión etc.
Todo lo anterior, puede servir para posibles indemnizaciones o para evaluar la calificación jurídica de los hechos que se estén investigando.
En la documentación que haya de haber en el forense, podrá comprobar del Juzgado del que viene, así como del procedimiento de que se trate.
Mi consejo, es que con ello, acuda a un profesional, para tener el consejo que se corresponda con el hecho concreto

Buenos días, el auxilio nacional es la ayuda que se prestan unos Juzgados a otros para la realización de cualquier trámite. Si te tiene que reconocer el médico forense, es porque has debido de tener un accidente o una agresión en algún lugar diferente al de tu población o partido judicial, así es que en vez de ir al juzgado donde se tramita tu juicio, se te facilita la tarea, yendo al juzgado de tu localidad, para que te sea más fácil.
Espero te sirva mi ayuda

buenos días. Significa que ha sufrido lesiones derivadas de accidente o de agresión, y que el forense tiene que examinarlo a usted y toda la documentación médica que posea sobre el asunto, a fin de hacer un informe para valorar el tiempo de incapacidad y secuelas que queden derivadas de las lesiones. Ese informe sirve para cuantificar la indemnización que le corresponde. Puede contactar conmigo para ampliar la información