¿Puede la administradora de la comunidad de vecinos pedirme a través de burofax la autorización municipal de instalación de la marquesina de mi local de madrid del año 1964?

Debes siempre contestar a los Burofax. Además ir al ayuntamiento y pedir la información relativa a tu local y por tanto a la marquesina, de tal forma que dispongas de todo lo necesario para hacer frente cualquier iniciativa de la Comunidad. Exigir el derribo de una obra (lleve el tiempo que lleve construida) exige que sea un Juez quien lo acuerde, o bien a instancias de la propia Comunidad de Propietarios o bien a Instancias del propio Ayuntamiento, pero nunca de forma directa por una de las partes si no hay acuerdo en el derribo.
La denuncia interpuesto ante Sanidad por tu parte, es absolutamente correcta y el resultado de la misma, permitirá disponer de más información en relación a los trámites que se deben realizar. En tu burofax, haz mención a dicha denuncia e incluso adjunta copia de que ésta se ha solicitado.