Cambio de base de cotización en mitad de una incapacidad temporal

Tengo dos contratos en la misma empresa uno del 60% sin fecha fin y otro de 40% que finaliza el 30 de septiembre, desde recursos humanos me llaman para decirme que me renuevan el contrato del 40% pero que me tengo que dar de alta.
Estoy a espera de que me operen, y no creo que se antes de la fecha.
Mi pregunta es, la base de cotización con la que me dieron la baja era con los dos contratos.
Cuando me quede solo con el contrato del 60% ya que no voy a poder darme de alta, cobrare acordé a la base de cotización del 100% o me disminuirá la cuantía. Ya que cuando me dieron la baja estaba cotizando como el 100%.