¿¿Es correcta la fiscalización por los salarios de tramitación hecha con Hacienda?

Hola.
A continuación expongo mi caso. Me despiden en agosto de 2013 y en julio de 2014, el despido es reconocido nulo por parte de la empresa mediante acta de conciliación antes de entrar a juicio y se me reincorpora a la empresa en la misma fecha. Durante el período que estuve fuera, estuve cobrado la prestación por desempleo.
Al hacer la declaración de la renta este año (ejercicio 2014), me encuentro que los datos fiscales que tiene Hacienda de los ingresos por parte de mi empresa, son los correspondientes a todos los salarios de tramitación cobrados, es decir, los que faltaban de 2013 y todos los de 2014 (salarios de tramitación hasta julio 2014 más los que cobré una vez reincorporada). Lo que he hecho ha sido modificar el borrador que me presenta Hacienda, quitando los salarios de tramitación de 2013 y poniendo todos los salarios de 2014, además de quitar los ingresos provenientes del paro. La duda principal que tengo es si lo he hecho correctamente, puesto que he leído que si hay resolución judicial de por medio, los ingresos deben presentarse el año en que la sentencia adquiere firmeza, aunque no sé muy bien si es mi caso, ya que fue mediante acta de conciliación y no hubo sentencia. De ser así, se supone que Hacienda no aceptaría mi rectificación de borrador y tendría que incluir todos los salarios de tramitación en el ejercicio 2014.
Por otro lado, si he hecho lo correcto poniendo en mi declaración de 2014 exclusivamente los ingresos de ese año, ¿debería presentar también complementaria del 2013 para incluir los salarios de tramitación pertenecientes a dicho año? Eso de momento no lo he hecho. De tener que hacerlo, ¿puedo hacerlo después de que finalice el plazo de este año o si lo hago fuera de plazo me expongo a que me cobren intereses o a que me sancionen? Todas están dudas vienen porque si finalmente Hacienda no acepta la rectificación del borrador y tengo que incluir todos los salarios de tramitación en 2014 y ya he hecho la complementaria de 2013, estaría tributando dos veces por los salarios de 2013 y no se si luego podría reclamarlo y recuperarlo.
Muchas gracias de antemano.